از تاریخ پیش از اسلام جندق و در دوره اسلامی دست كم تا دوره صفویه (ح906ـ 1135)، اطلاع دقیقی در دست نیست، گرچه آثاری مانند قلعه جندق و آتشكده متعلق به دوره ساسانی و سنگ نبشته‌ای متعلق به سده ششم در آن دیده شده است. بخشی از جغرافیای تاریخی جندق نیز با جغرافیای تاریخی بیابانك آمیخته است . برخی جندق و جَرْمَق (گِرْمَه، واقع در 27 كیلومتری جنوب شهر خور) را یكی دانسته‌اند .
شاه عباس اول صفوی (حك : 996ـ 1038) جندق را، به همراه بعضی قسمتهای دیگر یزد، تیول مولانا فخرالدین احمد بافقی كرد . در همین دوره، جندق در مسیر ازبكهای خراسان برای غارتِ شهر یزد بود. در منابع دوره افشاریه (1148ـ1210) نیز نام جندق در منابع دیده شده است. از اواخر دوره زندیه (ح 1163ـ 1208) تا اوایل دوره قاجار (1210ـ1344)، محمدحسین‌خان عرب عامری نایب‌الحكومه منطقه جندق و بیابانك بود .
جندق تا دوره فتحعلی شاه (1212ـ1250) ضمیمه یزد بود ، اما در دهه آخر حكومت وی تابع ایالت كومس/ قومس (كمابیش مطابق با استان سمنان) شد
1.دژ اردبيل (ارد و بيل نام دو ديو است که به فرمان حضرت سليمان درياچه اي در کران کوير بوجود آوردند . اين محل در مرآت البلدان به زندان انوشيروان شهرت دارد)
2.گنبد هشتار ( بنايي در جنوب جندق )
3. مسجد جامع جندق( تاريخ بنا به درستي معلوم نيست ولي پيش از سال 960هجري محل تجمع مومنين بوده است . يعني قدمت آن تاکنون به 600 سال تقريبا مي رسد )4. صفه نيزگاه ( در جنوب جندق )
5.خانقاه جندق
لندی های جندق :
كوههای دهستان جزو كوههای منفرد مركزی‌اند، از جمله آنهاست: رَشید كوه (بلندترین قله ح 075 ، 2 متر)، زالوبَنْد (بلندترین قله ح 843 ، 1 متر)، كَلاتِه (بلندترین قله ح 726 ، 1 متر)، تَخْتَك (بلندترین قله ح 620 ، 1 متر)، خَریطه (بلندترین قله ح 521 ، 1 متر)، گوری (بلندترین قله ح 4050 ، 1 متر)، پیسْكوه/ پیسه‌كوه (بلندترین قله ح 308 ، 1 متر) و گُدارِ سیاه (بلندترین قله ح 204 ، 1 متر؛ جعفری، ج 1، ذیل همین نامها).
قلعه جندق یا دژ اَرْدْبیل :
ظاهراً متعلق به دوره ساسانی، كه در محلْ به زندان انوشیروان معروف است و در گذشته دو برج بلند داشت، كه طول یكی از آنها حدود 22 متر بود و در دوره رضاشاه پهلوی قسمتی از آن را ویران كردند. گنبد هشت‌در (هشتار/ اشتار/ هشت درب) كه ظاهراً آتشگاهی متعلق به دوره ساسانی بوده است. مسجدجامع جندق، واقع در قلعه جندق، كه زیلوهای قدیمی با تاریخهای 960، 1043 و 1044 دارد وخانقاهی قدیمی (در محل معروف به آویشن) و ایوان مقدّسی معروف به صفه نیزه‌گاه یا نیازگاه، كه زیارتگاه اهالی است .
زیارتگاه قدمگاه : این زیارتگاه در آبادی خَنْج(Khanj) است .
وجه تسمیه :
جندق را جُندق، گندك، گنده و كندك هم نامیده‌اند. نام آن را برگرفته از كَند (به معنای مكان و شهر) به همراه ك تصغیر دانسته‌اند. برخی به سبب آنكه نخستین آبادی از سمت كویر سمنان بوده است، آن را برگرفته از «كندك» (به معنای كُنام) دانسته‌اند. دیگرانی نیز، اصلِ نام آن را كندژ (كهن‌دژ) و «گنده« می‌دانند و اهالی منطقه خور و بیابانك نیز جندق را گِندِه و اهالی آن را گِندِشی می‌خوانند .
در سالهای 1222ـ 1238 امیر رفیع‌خان عرب عامری به آزار اهالی منطقه بیابانك، از جمله جندق، پرداخت. مردم چند تن از علما را برای دادخواهی به تهران فرستادند و نوروز علیخان مزینانی، به دستور محمدشاه رفیع‌خان را سركوب كرد و سپس به سركوبی اقوام كوفچ، كه در منطقه جندق كاروانها را غارت می‌كردند، پرداخت. در پی این اقدامات، وی نایب‌الحكومه منطقه شد و تا 1255 در آنجا ماند (همانجاها)، اما غارت كاروانها تا دوره ناصرالدین‌شاه (1264ـ1313) ادامه داشت.
در همین دوره، شیروانی در باره جندق نوشته كه ناحیه‌ای از سمنان با آب و هوای گرم است، نخلستان فراوان و چند قریه معمور دارد، آبش از قنات تأمین می‌شود، مردمش شیعی‌مذهب و عرب‌اند، كه از قدیم در آنجا ساكن بوده‌اند. اعتمادالسلطنه در دوره ناصری، آن را یكی از قُرای سبعه و دارای انواع میوه در ولایت جندق و بیابانك ذكر كرده است .
از سیاحان اروپایی، بوهسه در 1266/1849، بوگان در فاصله سالهای 1299 تا 1306/1881 تا 1888 و وون در 1309/ 1891، از جندق گذشته و مطالبی، به ویژه در باره راههای آن، نوشته‌اند . در 1316، یكی از پیروان شیخ‌احمد احسایی، به نام حاج محمدباقر همدانی، به جندق رفت و به تبلیغ و انتشار عقاید و آرای مكتب شیخیه پرداخت، به طوری كه اهالی جندق پیرو همدانی شدند و از این‌رو جندقیها به شیخی حاج باقری معروف گردیدند. وی همچنین در همان سال «اتاق درس» در جندق بنا كرد كه بعدها توسعه یافت.
در 1323/1906 اسون اندرس هدین، كه از جندق گذشته بود، در باره راههای قدیمی، محصولات زراعی و باغی، تعداد گوسفندها و شترهای آنجا مطالبی آورده است. در زمان او جندق تابع سمنان، دارای 250 خانه و هشتصد تا هزار تن جمعیت بود و بیشتر كاروانهایی كه از یزد و سایر نقاط به سمنان می‌رفتند، از جندق عبور می‌كردند. به نوشته وی، تقریباً هر روز از جندق كاروانی با حدود صد تا دویست شتر می‌گذشت. وی از جندق به عنوان یك گره یا كاروانسرای نسبتاً بزرگ میان شمال و جنوب ایران یاد كرده است (ص 303ـ304). در آن زمان با آنكه قسمتهای عمده قلعه جندق ویران بود، تنها جای دیدنی جندق به‌شمار می‌رفت . هدین قلعه مذكور را منسوب به انوشیروان اول (531 - 579) دانسته است.
در 1327- 1328، كه نایب حسین كاشی آبادیهای بیابانك را غارت می‌كرد و به آتش می‌كشید، انتظام‌الملك، نایب‌الحكومه جندق و بیابانك، نایب حسین را تشویق كرد كه به جندق حمله كند؛ اما اهالی جندق، با نظر روحانی آنجا، از نایب حسین استقبال كردند، هدایایی دادند و بدین ترتیب مانع از ویرانی جندق شدند . پس از آن نیز جندق بارها آماج حمله غارتگران قرار گرفت .
جندق از 1337 (= 1298 ش) تا 1301 ش تابع طبس (در ایالت خراسان) بود و تا 1306 ش به صورت مستقل اداره می‌شد و تحت حاكمیت هیچ ایالتی نبود. در 1312 ش/ 1933، گابریل جندق را شهر كوچكی با استحكامات، كوچه‌های پیچ‌درپیچ و باریك و خانه‌های گلی ویران معرفی كرده و نوشته است كه باغهای انار آن در حاشیه دشت كویر قرار دارد. به گفته وی، بسیاری از اهالی جندق، بر اثر شیوع بیماری آبله سیاه، در 1311 ش مردند (1371 ش، ص 118ـ119، 122). بنا بر كتاب اسناد معادن ایران (ص 89 ـ90)، در 1319 ش در جندق معادن مس وسرب وجود داشته است.
در نیمه دوم سده چهاردهم جندق جمعیتی بالغ بر 550 ، 9 تن داشت.
از صنایع دستی، دارای كرباس‌بافی و عبابافی بود. حبیب یغمائی در همین دوره، ساكنان قریه جندق را معدود، فقیر و معروف به درستی و امانت خوانده است . در همین دوره در باره مطالب زیر اطلاعاتی ثبت شده است:
كشف معادن و تعطیل برخی از معادن دیگر؛
فعال بودن معادنِ فیروزه، گل سفید، گل‌سرخ، نمك، گچ و مرمر؛
بی‌نظیر بودن معدن طَلق جندق در كشور؛
استفاده اهالی جندق از گیاهانی روغنی و مقوی به نام كادر و معاش در تهیه نان و پلو؛
لباس رسمی اهالی و برخی رسوم آنجا؛
خانه‌هایی با دیوارهای بلند
بادگیر و مساحت كم
و چهار محله به نامهای قلعه (دارای حسینیه، مسجد، خانه‌های قدیمی، كوچه‌های پیچ در پیچ و چهره‌ای‌متمایز از محلات دیگر)، گوچاه، صحرا و هاشمی.
امروزه شهر، با وجود تأسیسات جدید، چهره‌ای سنّتی دارد و مردمی با لباس سنّتی و محلی در آن دیده می‌شوند. حسینیه جندق مركز تعلیم علوم دینی نیز هست .